Отделение создано в 1946 г. как отдел. С 1951 г. – проектно-исследовательское бюро. С 1960 г. – 1 отделение. С 2012 г. – отделение управления системной интеграцией в области военного кораблестроения. Основной функцией отделения является формирование научно-технических заданий в области судостроения по программам развития оборонно-промышленного комплекса.

Управление системной интеграцией в области военного кораблестроения основывается на идеологии единых конструктивно-технологических платформ:

• авианосцев (платформа № 1);
• надводных кораблей дальней океанской зоны (платформа № 2);
• надводных кораблей ближней морской зоны (платформа №3);
• надводных кораблей и катеров прибрежной зоны (платформа №4);
• атомных подводных лодок (платформа №5);
• неатомных подводных лодок и аппаратов (платформа №6),

а также других платформ, приведенных в государственных программах, и включает следующие направления:

• управление формированием научно-технического задела (НТЗ) применительно к военному кораблестроению и его поддержанием в актуальном состоянии;
• решение концептуальных проблем создания кораблей, судов и сложных морских систем и развития судостроительной промышленности;
• научно-техническое сопровождение всех этапов жизненного цикла подводных лодок, аппаратов, надводных кораблей, катеров, судов обеспечения, робототехники, оружия и вооружения ВМФ, корабельных энергетических установок и корабельных устройств, включая обеспечение стойкости, живучести, безопасности, эргономичности, защиты информации;
• разработка проектов кораблестроительных программ и инновационного развития научного, проектно-конструкторского и производственного потенциала судостроительной промышленности;
• разработка методических и программных средств, а также нормативных документов, обеспечивающих проектирование кораблей и судов в части стойкости, живучести, безопасности и эргономичности. Проведение инновационных разработок по созданию средств противопожарной защиты кораблей и судов, а также систем информационной поддержки действий экипажей при пожарах;
• разработка в интересах предприятий отрасли концептуальных положений, нормативных и методических документов, определяющих порядок проведения работ по защите информации от TP кораблей, их комплектующих изделий и военно-промышленных объектов, а также нормативных и методических документов по защите от ММР.